公司辞退员工经济赔偿按未扣社保工资处理时，可能受以下特殊情况影响：
1. **合同特殊约定**：若劳动合同明确约定按扣除社保后的实发工资计算赔偿，且约定不违反法律强制性规定，可能影响计算。但约定若排除员工主要权利或违法，则无效，仍按应发工资计算。
2. **三倍工资上限**：依据《劳动合同法》，员工月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿按三倍标准支付。此时即使未扣社保工资高于三倍，也仅按三倍计算，社保扣除不影响此上限。
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处理公司辞退员工经济赔偿按未扣社保工资问题时，需避免以下错误操作：
1. **忽视工资条保存**：部分员工不重视留存工资条，纠纷时难证明应发工资和社保扣除情况，影响维权。工资条是证明工资构成的重要证据，务必妥善保存。
2. **盲目接受实发工资赔偿**：员工若不清楚赔偿基数规定，公司按实发工资方案赔偿时未提异议便签字，事后维权会更困难。
3. **超过维权时效**：劳动争议仲裁时效为一年，从权益受损之日起算。超时效维权可能丧失胜诉权。
若遇上述情况或不确定如何应对，可咨询我为您提供解答，避免权益受损。
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公司辞退员工经济赔偿按未扣社保工资是否合法，需结合具体情形判断：
- **合法情形**：若公司以员工未扣除社保个人缴纳部分前的应发工资为赔偿基数，是合法的。应发工资包含基本工资、奖金、津贴等，为法定计算基数。
- **不合法情形**：若公司以扣除社保个人缴纳部分后的实发工资为基数，则不合法。经济赔偿应以员工应得工资为标准，社保个人缴纳部分是从应发工资中代扣，不应扣除。
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关于公司辞退员工经济赔偿按未扣社保工资是否合法，可依据法律分析：
《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条规定：“经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、自治区、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。”
《劳动合同法实施条例》第二十七条明确：“劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。”
员工未扣社保的工资属于应得工资范畴，因此公司按未扣社保工资（即应得工资）计算赔偿符合上述法律规定，是合法的。若公司扣除社保后按实发工资计算，则违反“应得工资”规定，不合法。

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